Struktura Straży Miejskiej m.st. Warszawy została wprowadzona na podstawie Uchwały nr VI/59/2007 Rady m.st. Warszawy z  dnia 2 marca 2007 roku w sprawie nadania Regulaminu Straży Miejskiej m.st. Warszawy.

Za realizację zadań Straży Miejskiej określonych w ustawach oraz innych powszechnie obowiązujących aktach prawnych odpowiedzialny jest Komendant Straży Miejskiej, zatrudniany na stanowisko na podstawie umowy o pracę przez Prezydenta m.st. Warszawy po zasięgnięciu opinii Komendanta Stołecznego Policji. Komendant wykonuje swoje zadania przy pomocy: Zastępcy Komendanta ds. Prewencji, Zastępcy Komendanta ds. Operacyjnych, Zastępcy Komendanta ds. Logistyki, Głównego Księgowego.

W strukturze wyodrębniono trzy piony: Prewencji, Operacyjny i Logistyczny. Nadzór nad nimi pełnią Zastępcy Komendanta, odpowiednio ds. Prewencji, ds. Operacyjnych i ds. Logistyki.

Uchwała Rady m.st. Warszawy z 2 marca 2007 r. pozwoliła na przeprowadzenie decentralizacji struktur straży miejskiej. Bezpośredni nadzór nad działaniami realizowanymi w określonych dzielnicach przekazano Naczelnikom Oddziałów Terenowych. Decentralizacja wpłynęła na skuteczność koordynacji działań, uproszczenie przepływu informacji pomiędzy komórkami wewnętrznymi oddziału, bezpośredni kontakt z mieszkańcami co przełożyło się na szybsze, precyzyjniejsze rozpoznanie zagrożeń i skuteczniejsze dysponowanie siłami straży miejskiej.

Struktura Straży Miejskiej m.st. Warszawy przewiduje 1921 etatów.